조세의 이중과세 취지에서 2001년 12월 31일에 특별부가세제도가 폐지됨에 따라 학교법인의 기본재산인 토지등을 교육사업에 사용할 목적으로 양도하거나, 1985년 12월 31일 이전에 취득한 토지 등을 양도하고 그 양도 금액을 교육사업에 사용하거나 다른 수익용재산을 대체 취득하여야 한다.

- 1985년 12월 31일 이전 취득 : 교육용 및 수익용(감면)
- 1986년 1월 1일 이후 취득 : 교육용(감면), 수익용(과세)

따라서, 절세측면(과세이면)에서 고유목적사업준비금은 토지 등 수익용기본재산의 처분에 따른 차액에 대한 설정이 아니라, 당해연도 결산시 당기순이익 금액의 발생에 대한 설정액으로 인식하여야 합니다.