산학협력단의 고유목적사업은 산학협력단의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로 법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업을 말합니다. 따라서 산학협력단의 고유목적 사업 중 법인세법 제3조 및 동법시행령 제2조에 의한 사업에서 발생하는 수익에 대하여 과세하는 것입니다.
산학협력단이 수행하는 연구 및 개발용역이더라도 "계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업"은 법인세법 시행령 제2조의 수익사업에 해당되어 법인세를 과세하는 것입니다. 비록 새로운 학설 또는 새로운 이론, 신기술, 신제품과 관련되는 연구로 분류되어 부가가치세가 면제되는 산학협력사업이더라도 이는 법인세법상의 수익사업으로 분류되며, 이는 결산상 고유목적사업준비금을 설정하여 손비로 계상하면 법인세가 면제 됩니다.