1.사실관계

1) 대전지방국세청에서는 학교법인이 제출한 세무조정계산서 상 공익법인 신고 의무 이행 적정여부에 대하여 검토한 결과 대학이 교육용 관사로 사용 중이던 부동 산을 매각한 후 양도차익에 대한 법인세의 신고 누락분을 발견함에 따라 관련 세금을 부과하였습니다.

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2) 세금이 부과된 이유는 교육용 관사의 사용기간이 10년에 미달하여 매각한 관사에 대해 법인세법에 따른 각 사업연도 소득금액에 대한 법인세 및 토지 등 양도 차익에 대한 법인세를 부과하게 되었습니다.

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3) 학교법인은 대학의 교육용 기본재산에 대하여 처분 허가 승인 요청 후 이사회 심의와 교육부 승인을 얻어 매각 처리하고, 매각대금 전액을 대학에서 수령 하였습니다.

관계법에서는 10년 미만 무상제공 사택을 매각하였을 때에는법인세가 부과된 다는 것을 기존 세무대리인이 인지하지 못하고 신고 누락한 바 있습니다.

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4) 이에 대하여 국세청은 관련 내용에 대한 조사에 착수하였으며, 법인에서는 새로운 세무법인을 지정하여 대응 방안을 검토, 2024년 공익법인 의무이행 해명자료를 제출 하고 토지 등 양도차익에 대한 법인세와 수정신고에 따른 가산세를 부과받았습니다.

2.질의사항

1) 보유기간 미 경과로 인한 양도소득세 발생에 대한 양도세액은 양도차익을 수혜한 대학이 부담함에는 이견이 없으나, 대학은 세무조정계산서 제출 대상자가 아님과 동시에 법인세 납부 의무자가 아님으로 이 부분 양도소득의 신고누락에 대한 가산세를 대학이 부담하여야 하는 지, 아님 법인이 부담하여야 하는지 한국사학 진흥재단의 명확한견해를 듣고자 합니다.

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- 토지 등 양도차익에 대한 법인세와 가산세 납부 의무자 구분(안) -

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2) 기타 다른 견해가 있는 경우 제시해 주시기 바랍니다.

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3.관계법령