산학협력단은 학교법인과 별도의 법인격을 소유하고 있으나 조직 상으로는 학교의 장의 지도감독을 받는 대학의 산하조직으로서 학교의 고유목적사업 중 하나인 연구를 효율적이고 효과적으로 수행하기 위해서 설립된 조직입니다. 따라서 독립된 법인격을 근거로 산학협력단을 학교와 완전히 분리하여 구분하는 것은 적절하지 않으며 학교의 고유목적사업 수행 및 발전을 위하여 일조하며 대학과 상호 협력하는 관계에 있다고 보는 것이 타당할 것입니다(질의 상 언급된 부가가치세법 상 대학과 산학협력단의 임대용역 예외조항은 이러한 관점을 반영한 것으로 해석됩니다). 다만, 산학협력법 제31조 상 대학에서 산학협력단 최초 출연시 소요되는 연구비 및 관련 경비의 이관과 관련하여서는 사립학교법 제29조 제6항이 적용되지 않는다고 되어 있으며 이는 이러한 대학과 산학협력단의 관계에도 불구하고 재산을 구분하여 관리하라는 반증을 제시하는 조항이라고 생각됩니다.

상기 사항들을 종합적으로 고려해 보았을 때, 산학협력단이 수행하는 연구 등 법 상 제시된 업무범위 내 활동을 위한 학교시설 사용은 학교의 산하조직으로서 업무공간을 사용하고 있다고 보는 것이 적절하며 무상으로 사용이 가능할 것으로 판단됩니다. 다만, 해당 공간은 업무 수행을 위한 사무공간 및 연구실 등으로 제한되어야 할 것이며 학교로부터 무상임대 받은 시설을 활용하여 임대사업 등 수익사업을 수행하는 일이 없도록 관리되어야 할 것입니다.

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