1.사실관계

국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 제6조(원가계산에 의한 예정가격의 결정)에 따르면 용역에 대해 재료비, 노무비, 경비, 일반관리비, 이윤을 책정할 수 있으며,

기획재정부 (계약예규) 예정가격작성기준 제14조에서는 이윤을 '영업이익(비영리법인의 경우에는 목적사업이외의 수익사업에서 발생하는 이익을 말한다. 이하 같다.)'으로 정의하고 있습니다.

한편, 법인세법 제4조(과세소득의 범위) 3항 1호, 법인세법 시행령 제3조(수익사업의 범위) 1항 2호에 따라 산학협력단의 수입 중 '계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업'에 대해서는 법인세법 상 수익사업으로 구분하여 과세소득의 대상으로 정의하고 있습니다.

비영리내국법인의 수익사업 여부에 대해 국세법령정보시스템 질의회신(법인세과-233)에 따르면,

법인세법 상에서는 법인의 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업 여부와 관련 없이 「법인세법」제3조제3항 및 같은 법 시행령제2조제1항의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 경우에는 이를 수익사업으로 보는 것으로 나타나 있습니다.

(https://taxlaw.nts.go.kr/pd/USEPDA002P.do?ntstDcmId=010000000000153186)

이를 종합하면, 산학협력단의 수입 중 '계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업'은 산학협력단 정관에 규정된 고유목적사업에 해당하더라도 법인세법 상으로는 고유목적사업인지 여부와 관련 없이 수익사업으로 정의되어 해당 수익이 법인세 과세소득으로 분류되고, 

국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 및 기재부 계약예규에 따른 이윤 책정 기준에 따른 '목적사업이외의 수익사업'에는 해당하지 않아 이윤을 책정할 수 없는 것으로 판단됩니다.

한편, 한국사학진흥재단 맞춤형 온라인 상담 FAQ 산학협력단 예·결산 메뉴의 질의 답변 중 [산학협력단 고유목적사업과 수익사업 구분 기준은 무엇인가요?]에서는 산학협력단의 고유목적사업에 대해 "산학협력단의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로 법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업"이라 정의하고 있습니다.

(https://support.kasfo.or.kr/menu/u06/02_02.asp?VA_Page=1&SM=02&sBrdID=4)

2.질의사항

산학협력단 고유목적사업에 대해 한국사학진흥재단의 답변대로 정의한다면, 법인세법 상의 수익사업으로 분류되는 '계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업'은 산학협력단의 고유목적사업으로 볼 수 없는 것인지,

이에 따라, '계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업'은 산학협력단의 고유목적 사업이 아닌 수익사업으로 판단하여 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 상의 예정가격작성 시 이윤을 포함할 수 있는 것인지 궁금합니다.

만약 한국사학진흥재단의 질의 답변에 따라 '계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업'에 대해 산학협력단의 고유목적사업이 아닌 것으로 판단하여 정부용역 계약시 수익사업에 대한 이윤을 계상한다면, 이윤에 대한 계정과목 설정 및 회계처리는 어떻게 해야하는지도 궁금합니다.

만약, 상기처럼 해석할 수 없다면 한국사학진흥재단 맞춤형 온라인 상담에 게시되어 있는 답변 내용 중 고유목적사업에 대한 정의는 수정이 필요할 것 같습니다.

3.관계법령

법인세법

제4조(과세소득의 범위) ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

법인세법 시행령

제3조(수익사업의 범위) ① 법 제4조제3항제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다.

 2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 

제6조(원가계산에 의한 예정가격의 결정) ①공사ㆍ제조ㆍ구매(수입물품의 구매는 제외한다) 및 용역의 경우 영 제9조제1항제2호에 따라 원가계산에 의한 가격으로 예정가격을 결정함에 있어서는 그 예정가격에 다음 각 호의 비목을 포함시켜야 한다. 

1. 재료비

계약목적물의 제조ㆍ시공 또는 용역등에 소요되는 규격별 재료량에 그 단위당 가격을 곱한 금액

2. 노무비

계약목적물의 제조ㆍ시공 또는 용역등에 소요되는 공종별 노무량에 그 노임단가를 곱한 금액

3. 경비

계약목적물의 제조ㆍ시공 또는 용역등에 소요되는 비목별 경비의 합계액

4. 일반관리비

재료비ㆍ노무비 및 경비의 합계액에 제8조제1항(제10호를 제외한다)의 규정에 의한 일반관리비율을 곱한 금액

5. 이윤

노무비ㆍ경비(기획재정부장관이 정하는 비목은 제외한다) 및 일반관리비의 합계액에 제8조제2항(제3호는 제외한다)에 따른 이윤율을 곱한 금액

기획재정부 (계약예규) 예정가격작성기준 

제14조(이윤) 이윤은 영업이익(비영리법인의 경우에는 목적사업이외의 수익사업에서 발생하는 이익을 말한다. 이하 같다.)을 말하며 제조원가중 노무비, 경비와 일반관리비의 합계액(이 경우에 기술료 및 외주가공비는 제외한다)의 25%를 초과하여 계상할 수 없다.​