출처 : 법제처

⊙기획재정부공고제2009-125호

    「조세특례제한법」을 개정함에 있어서 국민에게 미리 알려 의견을 듣고자 그 주요내용과 취지를 행정절차법 제41조에 따라 다음과 같이 공고합니다.

2009년 8월 26일

기획재정부장관

조세특례제한법 일부개정법률(안) 입법예고

1. 개정이유

    미래 성장동력 확충을 위해 연구개발 투자에 대한 세제지원을 세계 최고수준으로 대폭 확대하고, 경기회복의 체감효과가 가시화될 때까지 서민ㆍ중산층, 중소기업, 농어민 등에 대한 지속적인 세제지원을 추진하며, 그 밖에 금년말 적용시한이 도래하는 일부 비과세ㆍ감면제도를 정비하려는 것임.

2. 주요내용

  어. 비영리법인의 수익사업 소득의 100% 한도내에서 고유목적사업준비금을 손금에 산입할 수 있는 특례제도의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  가. 창업 중소기업(수도권과밀억제권 밖에서 창업한 중소기업), 창업벤처중소기업 등에 대한 세액감면제도의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  나. 중소기업 특별세액감면 대상업종에 인력공급업 및 고용알선업, 콜센터 및 텔레마케팅업 및 에너지절약 전문기업이 하는 사업을 추가하고, 자동차정비업과 관광사업을 영위하는 중소기업의 감면율을 현행 10%에서 제조업 등과 같이 수도권은 20%, 지방은 30%로 확대함.

  다. 신성장동력산업 및 원천기술 분야의 연구개발비용에 대해 당기 발생분에 대한 세액공제율을 각각 20%, 25%(중소기업 30%, 35%)로 확대하도록 함.

  라. 연구개발특구에 입주한 첨단기술기업 등에 대해 소득세ㆍ법인세를 감면하는 제도의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  마. 중소기업창투회사 등이 취득한 벤처기업 등 주식에 대해 양도차익 및 배당소득 등에 대한 비과세의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  바. 중소기업창업투자조합의 조합원이 동 조합을 통해 지급받는 배당소득에 대한 소득세 원천징수시기에 관한 특례의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  사. 외국인기술자에 대하여 소득세를 5년간 100% 면제하는 제도의 적용시한을 2011년 12월 31일까지 연장하되, 감면수준을 2년간 50% 감면으로 축소함.

  아. 내국인에게 고도기술을 제공하는 외국인기술자에 대한 소득세 감면제도의 적용시한을 2011년 12월 31일까지 연장하되 감면대상을 고도기술수반사업을 영위하는 외국인투자기업에 고도기술을 제공하는 외국인기술자로 제한함.

  자. 내국법인이 해외특수목적법인을 통해 외화로 표시된 이슬람채권을 발행하는 경우 그 수익을 일반 외화표시채권과 같이 이자소득으로 보아 소득세ㆍ법인세를 면제하는 등 과세특례를 신설함.

  차. 해외자원개발투자 배당소득에 대한 법인세 면제 적용시한을 2012년 12월 31일까지 3년 연장함.

  카. 사회기반시설채권 이자소득에 대한 분리과세 적용시한을 2012년말까지 3년간 연장하되, 대상요건을 만기 15년 이상 채권에서 7년 이상 채권으로 완화함.

  타. 법인이 벤처기업을 합병할 경우 이월결손금 승계요건을 일반적인 합병에 비해 완화하는 특례의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  파. 수도권 과밀억제권역에서 지방으로 본사ㆍ공장을 이전하는 기업에 대해 소득세ㆍ법인세 감면기간을 현행 5년간 100%, 2년간 50%에서 7년간 100%, 3년간 50%로 확대함. 다만, 수도권인접지역 등으로 이전하는 경우에는 현행 세액감면 수준을 유지하기로 함.

  하. 농공단지ㆍ개발촉진지구ㆍ지방중소기업 특별지원지역 등에 입주한 기업에 대한 법인세ㆍ소득세 감면 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  거. 영농조합법인의 농업소득 등에 대한 법인세 면제 등의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  너. 영어조합법인의 어업관련 소득에 대한 법인세 면제 등의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  더. 농업회사법인의 농업소득에 대한 법인세 면제 및 농업관련 기타소득에 대한 법인세 감면 등의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  러. 어업인이 어업용 토지 등을 어업회사법인에 현물출자하는 경우 토지 등의 양도차익에 대한 양도소득세를 면제함.

  머. 농지대토시 도시지역 편입일 이후 또는 환지예정지 지정일 이후 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세 감면을 배제함.

  버. 소득금액의 50% 한도내에서 손금에 산입되는 기부금 과세특례 제도의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장하고 동 특례의 대상에 한국식품연구원 및 휴면예금관리재단을 추가함.

  서. 개인이 문화예술진흥기금에 지출하는 기부금을 소득세법상 법정기부금으로 이관하며, 개인이 사내근로복지기금에 지출하는 기부금도 소득공제대상에 포함함.

  저. 기업도시개발사업을 전담하는 기업에 대해 토지를 현물출자하는 경우 발생하는 양도차익에 대한 법인세를 과세이연하는 제도의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  처. 경제자유구역 개발사업시행자 중 외국인투자기업이 개발사업 추진을 위해 설립한 내국법인에 토지를 현물출자하는 경우 발생하는 양도차익에 대한 법인세를 과세이연하는 제도의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  커. 공익사업에 따른 수용으로 물류시설을 2012년 12월 31일까지 지방으로 이전시 양도차익에 대한 소득세 및 법인세를 3년거치 3년 분할과세하는 특례를 신설함.

  터. 소기업ㆍ소상공인 공제부금에 대한 소득공제제도의 일몰규정을 폐지하여 제도를 영구화함.

  퍼. 비과세 장기주택마련저축에 대한 가입 일몰시한을 2012년 12월 31일까지 연장하고, 저가주택을 소유한 1주택자에 대한 가입요건을 완화하되, 소득공제 혜택은 폐지함.

  허. 무주택세대주인 근로자에 대해 주택청약종합저축 불입액(연간 120만원 한도)의 40%를 소득공제하되, 기존 청약저축과의 형평성을 감안하여 국민주택규모를 초과하는 주택에 당첨된 경우 불입금액의 2%를 추징하도록 함.

  고. 이자소득이 비과세되는 생계형저축과 조합 등 예탁금에 중복가입을 배제함.

  노. 농어가목돈마련저축 이자소득 비과세 일몰시한을 2011년 12월 31일까지 연장함.

  도. 해외상장주식에 투자하는 집합투자기구로부터의 배당소득 비과세 일몰을 종료하되, 손실분에 한하여 2010년중 발생하는 이익과 상계를 허용함.

  로. 자금의 일정비율 이상을 녹색기술 및 녹색프로젝트에 투자하는 녹색집합투자기구, 녹색예금, 녹색채권에 대해 소득공제, 비과세 등 세제지원 혜택을 부여함.

  모. 종합소득세 신고의무가 있는 근로장려금신청자가 근로장려금만 신청하더라도 국세청의 보정요구에 따라 근로장려금 결정일까지 종합소득세 신고를 이행할 경우 적용가능하도록 신청방법을 개선함.

  보. 동업기업 과세특례를 적용함에 있어서 수동적 동업자에 대해서도 동업기업 결손금을 배분하되, 이후 10년간 당해 동업기업으로부터 배분받는 소득에서만 이월공제하도록 제한함.

  소. 원활한 기업 구조조정과 가업승계를 지원하기 위하여 중소기업 최대주주에 대한 할증평가 적용배제 규정의 적용시한을 2010년 12월 31일까지 연장함.

  오. 공익사업 시행에 따른 토지 등의 수용시 양도세 감면과 행복ㆍ혁신도시내 공장 등을 지방으로 이전시 과세특례의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  조. 벤처ㆍ물류기업과 전략적 제휴를 한 법인의 주주가 보유한 제휴법인주식을 교환ㆍ현물출자한 경우 주식 양도차익에 대한 양도세 과세특례제도와 거주자가 신기술사업금융회사ㆍ중소기업창업투자회사에 대한 출자로 취득한 주식의 양도시 양도세 비과세 적용을 종료함.

  초. 산림개발소득에 대한 법인세ㆍ소득세 감면 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  코. 2012년 여수세계박람회 관련 사업에 참여하는 기업에 대하여 2011년 12월 31일까지 참가준비금을 손금으로 산입하고 관련 비용이 발생하는 경우 상계하도록 하는 제도를 신설함.

  토. 금융소외계층에 대한 신용보증 등의 사업을 수행하는 신용회복목적회사에 대하여 2012년 12월 31일까지 이익발생시 동 금액을 손실보전준비금으로 손금에 산입하고 손실발생시 상계하거나 5년후 익금산입하도록 하는 제도를 신설함.

  포. 국가ㆍ지자체ㆍ도시철도공사 등에 공급하는 도시철도 건설용역에 대한 부가가치세 영세율 적용시한을 2012년12월31까지 연장함.

  호. 민간투자법에 의한 사업시행자가 국가ㆍ지자체에 공급하는 사회기반시설에 대한 부가가치세영세율 적용시한을 2012년12월31일까지 연장함.

  구. 섬 주민의 생활용 전기를 생산하기 위한 자가발전용 석유류에 대한 개별소비세ㆍ부가가치세 등 조세 면제 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  누. 공장ㆍ광산의 종업원 및 초ㆍ중ㆍ고ㆍ대학교 학생이 이용하는 구내식당 음식요금에 대한 부가가치세 면제 적용시한을 2012년12월31일까지 연장함.

  두. 영농ㆍ영어조합법인, 농업회사법인의 농어업경영 및 농어작업 대행용역에 대한 부가가치세 면제 적용시한을 2012년12월31일까지 연장함.

  루. 천연가스 연료 사용 시내버스 및 마을버스 공급에 대한 부가가치세 면제 적용시한을 2012년12월31일까지 연장함.

  무. 폐자원 매입세액공제 적용시한을 4년 연장하되 중고자동차 매입에 대한 매입세액공제율을 2013년까지 6/106으로 단계적으로 축소함.

  부. 농협 조합원의 소비대차증서 등에 대한 인지세 면제를 2012년 12월 31일까지로 3년 연장하고, 농지은행사업과 관련된 재산권 이전문서에 대한 인지세도 2012년 12월 31일까지 면제함.

  수. 고속철도 건설용품 및 신재생에너지 생산 및 이용기자재에 대한 관세 감면(50%)의 적용시한을 2011년 12월 31일까지 연장함.

  우. 간접외국납부세액공제제도를 적용하는 자회사의 요건을 현행 지분율 20% 이상에서 지분율 10% 이상으로 완화함.

  주. 고도기술을 제공하는 외국인이 지급받는 기술도입대가에 대한 조세면제 제도를 일몰종료함.

  추. 외국인투자에 대하여 조세감면을 받기 위한 최소 외국인투자금액 납입기한을 연장(3년→5년)하고, 연구개발업의 연구전담인력 고용규모감면기준도 투자 신고 후 3년안에 충족하면 되는 것으로 감면요건을 완화함.

  쿠. 제주첨단과학기술단지ㆍ투자진흥지구ㆍ자유무역지역 등에 입주한 기업 등에 대한 법인세ㆍ소득세 감면 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  투. 기업도시개발구역내 입주기업에 대한 법인세ㆍ소득세 감면 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  푸. 금년에 일몰이 도래하는 성실사업자에 대한 교육비ㆍ의료비 공제제도의 적용시한을 2012년 12월 31일까지 연장함.

  후. 신용카드 등 사용금액에 대한 소득공제 제도의 적용시한을 2011년 12월 31일까지 연장하고, 소득공제 한도를 현행 연간 500만원에서 연간 300만원으로 축소함.

  갸. 중소기업이 아닌 법인에 적용되는 최저한세율을 과세표준 1백억원 이하에 대해서는 10%, 1백억원 초과 1천억원 이하에 대해서는 13%, 1천억원 초과에 대해서는 15%로 조정함.

  냐. 2012년 여수세계박람회 전시시설의 제작ㆍ건설에 사용하기 위해 구입하는 물품 중 국내제작이 곤란한 물품과 박람회 종료 후 박람회장 관리주체에게 무상으로 양도하는 물품에 대하여 개별소비세를 면제함.

  댜. 제주특별자치도 및 관광레저형 기업도시 골프장에 대한 개별소비세 감면 적용시한을 2010년12월31일까지 연장함.

  랴. 중소기업창업투자회사ㆍ조합 등이 창업자ㆍ벤처기업 등에게 직접 출자함으로써 취득한 주권ㆍ지분의 양도에 대한 증권거래세 면제 적용시한을 2012년 12월 31일까지 3년 연장함.

  먀. 공모펀드, 연기금에 대한 증권거래세 면제제도 및 부도중소기업의 지배주주 등이 해당기업의 주식ㆍ출자지분 전부를 사용인에게 양도하는 경우 증권거래세를 면제하는 제도는 적용시한을 종료함.

  뱌. 금융지주회사 설립을 위해 주식을 이전ㆍ교환하는 경우 증권거래세 면제 적용시한을 2012년 12월 31일까지 3년 연장함.

  샤. 상장지수집합투자기구가 증권시장 또는 전자증권중개거래를 통하여 주권을 양도하는 경우 증권거래세를 면제함.

  야. 법인세법에 따른 과세이연 특례 요건을 충족하는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전, 자산의 포괄적 양도에 따라 주식을 양도하는 경우, 증권거래세를 면제함.

  쟈. 연간 수입금액 2억원 미만으로서 폐업한 영세사업자가 내년말까지 사업재개ㆍ취업을 할 경우 결손처분한 사업소득세, 부가가치세에 대해 500만원을 한도로 1년간(’10.1.1.~’10.12.31.)납부의무를 소멸하도록 함.

  챠. 기업구조조정투자회사가 약정체결기업의 주식 또는 지분을 취득하거나 기업구조조정조합이 구조조정대상기업의 주식 등을 취득하여 과점주주에 해당하는 경우 취득세 면제 폐지

  캬. 전력산업 및 가스산업의 구조개편을 위한 법인 설립등기시 등록세 수도권 중과 배제 및 50%감면 폐지