부가가치세법 제12조 및 같은법 시행령 제37조 제1호 규정에 의거 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역은 부가가치세가 면제되는 것입니다.

그러나 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자는 부가가치세법 제2조의 규정에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있는 것으로서, 당해 사항이 임대용역을 제공하고 그 대가를 기부금의 명목으로 받는 때에는 부가가치세 과세대상에 해당한는 것으로 판단 됩니다.

다만, 귀 종교단체가 통신사에게 기지국설치(중계기 장비 및 안테나를 설치)에 따른 부동산임대용역을 제공하는 것이 상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역에 해당하는 경우 부가가치세가 면제 되는 것입니다.

귀 법인의 당해 부동산임대 행위가 부가가치세 과세 되는지 또는 면제 되는지 여부는 공익단체 해당 여부, 고유목적사업인지 여부 및 실비에 해당하는지 여부 등의 구체적인 사실에 따라 판단할 사항입니다.

이하는 귀질의와 관련 예규로서 참조하시기 바랍니다.

(부가-2171, 2008.07.22)

【질의】

(사실관계)

학교법인 소유의 토지(임야)를 이동통신사에게 안테나설치를 허락하고 사용료와 부가가치세를 징수하고 사업에 관한 업무를 총괄하는 법인소재지에서 부가가치세를 납부하고 있음.

(질의요지)

이 경우 당해 토지(임야) 사용대가에 대한 사업장을 임야 소재지로 하여야 하는지 여부

〈갑설〉 업무를 총괄하는 장소를 사업장으로 함.

（이유） 부동산임대업의 경우 그 부동산의 등기부상의 소재지를 사업장으로 하는 것이나, 이동통신기지국 설치장소가 임야 등에 해당하여 설치장소를 임대한 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재 및 관리가 어려운 장소는 그 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소를 사업장으로 하는 것이 타당함.

〈을설〉 부동산소재지를 사업장으로 함.

（이유） 이동통신기지국 안테나설치 장소를 임대하고 그 대가를 받는 경우 부동산임대업에 해당하여 그 부동산의 등기부상의 소재지를 사업장으로 하는 것임.

【회신】

학교법인이 소유하고 있는 토지(임야)를 임대하여 이동통신사의 안테나 설치를 허락하고 사용료와 부가가치세를 지급받는 경우 「부가가치세법 시행령」 제4조 제1항 제4호에 따라 당해 부동산 소재지가 사업장에 해당하는 것임.