산학협력단은 대학과의 관계에 있어서 법 상으로는 법인격이 구분되나 조직 상으로는 대학 총장의 관리감독을 받고 있는 대학의 하부조직 성격을 갖고 있습니다. 한편 산학협력단은 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 의거하여 대학 안에 설치 운영중인 창업보육센터에 대한 지원을 할 수 있으며, 이에 창업보육센터 관리 업무를 전담하는 명목으로 관련 임대보증금 및 임대료도 함께 수취하여 운영하고 있는 경우도 있습니다. 해당 운영 방식의 적절성 여부에 대한 명확한 시비는 논의되고 있지 않으나 「사립학교법」 상 대학의 수입재원이 다른 회계(산학협력단)로 유출이 되는 것을 금지하고 있으며 이에 타회계 전출로 오인될 소지가 있으므로 만약 산학협력단에서 학교 소유 건물에 입주한 창업보육센터의 임대보증금 및 임대료 수취 시 구성원 동의를 통한 내부규정 명시, 계약을 통한 운영에 대한 권리와 책임의 범위를 명확히 해야하며 또한 수취한 임대료는 필수 경비를 제외하고 전액 학교로 전출함으로써 사립대학 재정운영의 건전성이 확보되어야 할 것입니다.

< 산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률 시행령 > 

제20조(산학협력단의 업무) 법 제27조제1항제8호에서 "대통령령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 사항을 말한다. 다만, 산학협력단은 산학협력단의 연구원과 직원의 수, 사무소 위치 등을 고려하여 정관에서 정하는 바에 따라 제8호부터 제11호까지의 사항의 전부 또는 일부를 산학협력단의 업무로 하지 아니할 수 있다. <개정 2014. 6. 30.> 

4. 해당 대학 안에 설치ㆍ운영 중인 「중소기업창업 지원법」 제2조제7호에 따른 창업보육센터(이하 "창업보육센터"라 한다)와 이에 입주한 기업 등에 대한 지원

< 사립학교법 >

제29조(회계의 구분) ①학교법인의 회계는 그가 설치ㆍ경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다. 

②제1항의 규정에 의한 학교에 속하는 회계는 이를 교비회계와 부속병원회계(附屬病院이 있는 경우에 한한다)로 구분할 수 있고, 교비회계는 등록금회계와 비등록금회계로 구분하며, 각 회계의 세입ㆍ세출에 관한 사항은 대통령령으로 정하되 학교가 받은 기부금 및 수업료 기타 납부금은 교비회계의 수입으로 하여 이를 별도 계좌로 관리하여야 한다. <개정 1999. 1. 21., 2011. 7. 25., 2013. 1. 23.> 

⑥제2항에 따른 교비회계에 속하는 수입이나 재산은 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2007. 7. 27., 2013. 12. 30.> 

< 사학기관 재무ㆍ회계 규칙 > 

제4조(재무와 회계운영의 기본원칙) 법인과 학교의 재무와 회계는 건전하게 운영하여야 하며 국가의 정책과 사회의 공공기관으로서의 의무와 그 설립목적에 반하여서는 아니된다. 

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